Насколько обоснована необходимость держать папку migrations?

Я не думаю, что данная папка мешает. И она находится вне видимости браузера. Вообще, она будет использовать далее, когда будут обновления.

Но если вы не работаете с командной строкой и она вам сильно мешает, то можно удалить.

Миграции мне представляются первым шагом, что когда-нибудь libarea можно будет устанавливать автоматически из установочного файла и обновлять нажатием кнопки в админке. Технически это вполне реализуемо. Видел такое давно в UMI.CMS, когда там работал.

Естественно, если это вписывается в долгосрочный план развития проекта.